MichelAebischer è nato il 6 gennaio 1997 a Friburgo, dove, da bambino, ha iniziato a tirare i primi calci al pallone. Nel 2013 è passato alle giovanili del BSC Young Boys e nel febbraio 2017 approda in prima squadra. Dopo più di cinque anni raccoglie 194 presenze, 15 gol e 35 assist. Il 25 gennaio 2022 si trasferisce in Italia in prestito al Bologna e, dopo i primi sei mesi, dove arriva a 12 presenze, il primo luglio viene acquistato a titolo definitivo per 3 milioni. Durante la stagione precedente raggiunge le 32 presenze, con il primo gol in maglia rossoblù al Sassuolo e il primo assist contro il Lecce.