JhonLucumì è nato a Cali (Colombia) il 26 giugno 1998. Dopo la sua formazione nel settore giovanile del Deportivo Cali, entra in prima squadra nel 2015, giocandoci fino al 2018 e collezionando 54 presenze. È il Genk a portarlo in Europa nell'estate del 2018 e fino all'agosto 2022, e con il club belga Lucumì colleziona 136 presenze tra le varie competizioni aggiudicandosi un campionato, una coppa del Belgio e una Supercoppa, per poi trasferirsi al Bologna che lo vedrà scendere in campo per 52 volte.